临床医学专业具有50多年办学历史和19年专科教育探索经验，现有在校生1702人，累计为三峡库区城乡基层培养了万余名临床医生，成为三峡库区医药卫生事业发展的重要人力支撑。该专业是重庆市示范性高等职业院校重点建设专业、重庆市骨干建设专业、重庆市优质高职院校重点建设专业，是“校院一体”创新医学生人才培养的特色专业，并成功申报了教育部卫生部“3+2”卓越医生教育培养计划试点项目。
重庆三峡医药高等专科学校现有教师120人，副高以上职称教师占35%，硕士以上学位教师占22%。有心血管病学、皮肤性病学2个校级教学团队。设有诊断、内科、外科、妇产科、儿科、皮肤科、眼耳鼻喉科口腔等7个教研室，承担了该专业、课程、师资队伍、实习实训基地、社会服务等建设任务及临床课程的理论、实践教学工作任务。培养目标：
针对基层医疗卫生人才的需求，培养德、智、体、美全面发展，具备人文社会科学、预防、保健、康复等基本知识，掌握临床医学基本理论与专业技能，具有良好的职业道德和职业拓展能力，能在基层医疗卫生机构为居民提供基本医疗服务和基本公共卫生服务，下得去、留得住、用得上的基层实用医学人才。
核心课程：
人体解剖学与组织胚胎学、生理学、病原生物与免疫学、药理学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、皮肤性病学等。
就业方向：
毕业后可到基层医疗卫生单位从事预防、保健、医疗、康复、病理检验、健康教育、计划生育技术指导等工作。具备报考普通高校“专升本”和住院医师培训项目资格。可考取执业（助理）医师证等资格证书